本发明公开了一种内切多聚半乳糖醛酸酶及其编码基因和应用。所述内切多聚半乳糖醛酸酶的氨基酸序列包括：(1)SEQ ID NO.1或SEQ ID NO.2所示的序列，或，(2)由如(1)所述序列经取代、缺失或添加一个或至少两个氨基酸残基获得，且与(1)所述序列功能相同或相似的氨基酸序列，或，(3)与(1)或(2)所述序列具有至少90％序列同源性，且与(1)所述序列功能相同或相似的氨基酸序列。本发明首次从青霉中挖掘得到一种具有果胶降解功能的酶，并分析其核酸及氨基酸序列，实现了在酵母中的高效表达，酶活最高达到6.95U/mL可有效进行可应用于烟草等生物材料的果胶降解等领域中。