本发明公开了脆弱拟杆菌及脆弱拟杆菌BFS17的特异性新分子靶标及其快速检测方法。所述的脆弱拟杆菌(Bacteroides fragilis)的分子靶标核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，所述的脆弱拟杆菌BFS17的分子靶标核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。本发明采用泛基因组方法获得脆弱拟杆菌及益生菌株脆弱拟杆菌BFS17的特异性核心基因，设计获得能灵敏检测脆弱拟杆菌及益生菌株脆弱拟杆菌BFS17的特征引物，同时该方法能快速、简便地区分脆弱拟杆菌、益生菌株脆弱拟杆菌BFS17及其它微生物菌株。本发明具有操作简便快捷、特异性高、可定量、检测费用低廉的优点。