本发明提供了一种光伏发电单元综合评价方法和系统，包括：根据不同的主观赋权法和客观赋权法，计算预先设置的光伏发电单元综合评价体系中的评价指标对应各种赋权法的基础权重系数；基于基础权重系数，通过优化模型，计算评价指标的组合权重；对评价指标对应的基础数据进行量化区间划分，计算各基础数据落在量化区间的概率值，基于概率值、组合权重和各量化区间对应预设的评价指标量化值，计算光伏发电单元的综合评价结果；本发明通过优化模型以鉴别信息最小为目标函数，计算评价指标的组合权重，有利于获得合理、科学性的评价指标权重，基于合理、科学性的评价指标权重，使光伏发电单元的综合评价结果更可信。