本发明提供一种用于电力市场不平衡资金的处理方法及系统，包括：服务器获取每个第一出清节点的发电企业得到第一发电企业集，根据多个第一出清节点之间的属性关系将相关联的第一出清节点统计得到市场关联组；根据第一边际出清电价、第一发电企业集的第一发电量得到第一供电结算价；服务器将每个第一出清节点的第一发电量和第一用电量比对，确定为电力输出的第二出清节点以及为电力输入的第三出清节点，基于市场关联组确定相关联的第二出清节点和第三出清节点；统计区域电网拓扑图内所有第二出清节点和第三出清节点的不平衡资金的子数值，生成相对应的不平衡资金统计表并对区域电网拓扑图进行处理后输出显示。