基于多目标优化的低压台区三相不平衡治理方法及系统，包括以下步骤：步骤1，获取用户连接台区变压器相序数据、台区变压器额定电流数据，基于用电信息采集系统获取用户电流序列数据；步骤2，基于负载率和平均三相不平衡度计算台区加权平均三相不平衡度；步骤3，以台区用户相序组合方案为控制变量，采用强度帕累托进化算法求取台区用户相序组合方案的帕累托最优解集；步骤4，在台区用户相序组合方案帕累托最优解集中采用TOPSIS方法选取最终的台区用户相序组合方案。本发明能够有效降低台区三相不平衡危害，同时调整相序用户数量相对较少，具有很强推广实用价值。