本发明公开了一种水轮发电机水导拐臂位移监测系统，包括：数据采集模块、监测保护模块及数据处理模块，其中，所述数据采集模块包括安装于发电机水导拐臂的位移传感器；数据采集模块，用于采集所述水导拐臂的位移数据；监测保护模块，用于对所述位移数据进行预处理，并在确定水导拐臂的位移超过停机上限时输出停机信号；数据处理模块，用于根据所述位移数据确定水导拐臂位移原因。本发明给出的水导拐臂位移监测系统通过对水导拐臂位移进行监测，并进行水导拐臂位移越限报警和安全停机保护，不仅可以避免损失惨重的事故发生，而且由于采用了连续的在线监测，减少了机组试验时间、设备检修和非计划停机次数，有效地提高了设备利用率。