本发明公开了一种备用辅助服务费用的计算及分摊方法、系统及存储介质，包括，根据新能源机组及负荷历史数据，获得波动分量协方差矩阵；建立机会约束的单时段备用电能量产品联合出清模型；将机会约束的单时段备用电能量产品联合出清模型转化为凸二阶锥规划问题，求解后得到各时段火电机组的出力值及响应系数；列出凸二阶锥规划问题的拉格朗日方程，通过求解对应约束拉格朗日乘子以及从新能源机组以及负荷的波动分量协方差矩阵提取误差标准差值，计算新能源机组及负荷辅助服务分摊费用；根据火电机组当前时刻的出力值、响应系数，计算火电机组辅助服务结算费用。本发明实现更精细化的分析计算。