本申请适用于晶体材料表征的技术领域，提供了一种晶体界面的编码方法、系统、终端设备以及存储介质，其方法包括获取第一目标对象对应的第一界面的第一物相基础信息和第二目标对象对应的第二界面的第二物相基础信息；根据所述第一原子坐标信息和所述第二原子坐标信息确定第三目标对象对应的第三界面的点阵信息；将所述第一物相基础信息、所述第二物相基础信息和所述点阵信息输入至预设的界面矩阵计算公式中，确定所述第三界面的界面信息。本申请能够提供一种作为界面唯一标识的界面信息，基于该界面信息可以精准界定晶体的界面，有利于后续针对界面数据进行分析和存储，并且减少冗余信息对界面数据的影响，具有较强的实用性。