本发明公开了一种计及变压器经济运行的多目标运行优化方法及系统，应用于交直流混合微电网，包括：根据交直流混合微电网的有功损耗和电压偏差，构建用于运行优化的目标函数；基于目标函数，通过构建交直流混合微电网的潮流模型，获取用于运行优化的约束条件，依据多目标优化算法，并根据变压器损耗，优化交直流混合微电网的功率分配，用于提高交直流混合微电网整体运行效率；本发明可以直接计算变压器损耗，得到的功率损耗更加精确，有功利用效率更高，并能够根据变压器损耗优化功率分配，提高交直流混合微电网整体运行效率。本发明具有较强的实用价值，能够有效减小微电网损耗，提高电压运行水平。