本发明公开了基于CT扫描建立三维非均质等效岩心模型的方法，所述方法包括：孔隙定位模块，基于岩心CT扫描数据提取孔隙信息，根据岩心模型网格分辨率将孔隙的体素坐标转换为网格坐标；属性计算模块，利用网格粗化方法计算不同网格对应的孔隙等效半径，基于Kozeny‑carman方程计算孔隙所在网格对应的渗透率；模型生成模块，通过设置无效网格切圆建立三维岩心模型，导入网格渗透率生成三维非均质等效岩心模型；数值模拟模块，将三维非均质等效岩心模型导入CMG‑IMEX模拟器中，利用油水两相模型模拟岩心驱替过程。所述方法可表征岩心内部的驱油动态特征，解决了岩心水驱油动态特征可视化模拟难题，有望推广到岩心尺度的提高采收率机理模拟。