本发明公开了一种考虑系统故障的综合能源系统规划方法及存储其的介质。本发明旨在解决实际运行中综合能源系统可靠性提升问题，方法主要基于动态建模的综合能源系统，针对综合能源系统不同的故障类型，采用模型预测控制方法优化多种故障场景下的运行策略，并评估故障恢复时间；考虑规划优化和运行优化阶段的经济性，以年净总成本为目标，设计惩罚函数反映故障恢复过程对成本的影响，通过自适应权重系数对各场景下目标值进行加权平均，设计考虑典型场景和多种故障场景时的双层优化配置模型，实现综合能源系统规划优化和运行优化有机耦合，提升综合能源系统可靠性。