本发明公开了一种单细胞转录组低质量细胞过滤方法，涉及涉及生物数据处理方法。包括以下步骤：对细胞进行分群；按基因取表达量平均值，生成细胞群的特征表达谱；将所述细胞群的特征表达谱随机两两组合，生成人工多细胞；合并所述人工多细胞表达谱和真实细胞表达谱，计算每个细胞间的距离；在规定范围内设置若干等距的邻域，计算每个邻域下，每个真实细胞在邻域内的人工多细胞比例；统计每个邻域下的人工多细胞比例分布，求其双峰系数，并以双峰系数最大的邻域为最优邻域；在最优邻域下，将人工多细胞比例最大的规定数量的真实细胞认定为多细胞，将其从真实细胞表达谱中删除。提高了单细胞转录组数据的过滤标准和精准度，增强了数据的可靠性。