本发明提供一种对于多频耦合系统中谐波的潮流分析方法，包括，确定所述电力电子变流器原生谐波电压并对该配电网系统进行基波潮流计算，得到各节点的基波电压值；确定变流器内部耦合产生的多频次的次生谐波注入电流；求解多频次耦合的各节点的各次谐波电压；求解新的基波注入功率，带回基波潮流计算中确定下次的各节点基波电压；进行基波潮流计算，直至相邻两次的谐波电压差满足预设的误差允许值结束迭代，最终得到计及多频耦合的各节点谐波电压值，根据各节点的各频次谐波电压确定配电网系统的谐波放大情况。本发明得到谐波源内部交互耦合产生的次生谐波及基波对谐波的影响判断谐波源与配电网系统之间的交互影响，得到系统中准确的谐波电压值。