本发明公开了含电化学储能的微电网系统运行方式确定方法、装置，所述方法包括：获取用电端的负荷需求变化量以及用电端的负荷需求，当所述负荷需求大于可再生能源机组的总输出功率，确定超出可再生能源机组的总输出功率的剩余负荷需求，基于剩余负荷需求，确定微电网系统中基于不可再生能源机组和外部电网进行功率输出时的碳排放量，基于用电端的负荷需求、用电端的负荷需求变化量以及剩余负荷需求，确定微电网系统的输出功率满足用电端的负荷需求时的总成本，根据所述碳排放量以及所述总成本确定出满足用户需求的微电网系统运行方式，以降低微电网系统运行成本的同时减少其运行过程中对环境的影响。