本发明公开了一种基于脱细胞基质微球的组织填充修复材料及其制备方法，所述材料是由脱细胞基质微球及凝胶介质混合制备而成。所述脱细胞基质微球既具有良好的生物相容性和降解时间可控性，还通过脱细胞基质的三维组成和结构，为组织的修复提供天然细胞外基质再生微环境，促进组织细胞增殖，效果持久且自然无痕。所述的凝胶介质用于脱细胞基质微球的均匀分散与体内递送。本发明操作工艺简单、实施条件温和，制备的组织填充修复材料，在医学美容、组织损伤修复等领域中具有广阔的应用前景。