本发明公开了一种低灰分煤制备超纯煤的系统及方法。本发明在将煤粉送入熔融碱沥滤罐前对煤粉进行了微波预处理，微波预处理使得煤中部分结构发生断裂形成裂缝，增加了反应物与煤的接触区域，使得后续的酸洗以及沥滤的速度得以加快。本发明对沥滤后的煤进行处理时并没有直接使用酸洗，而是先进行水洗然后进行酸洗，这样做的目的简化了酸和碱回收的步骤，提高了系统经济性。本发明系统的主要能源来源于高温烟气，高温烟气中的能量经过梯级利用为系统供能，提高了能源利用效率，此外烟气最后经过碱洗液，烟气中的CO2被用于碱再生，减少了CO2的排放，提高了环境效益。