本申请涉及苦瓜技术领域，具体公开了一种与苦瓜果皮颜色相关联的分子标记及其应用。该分子标记为核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示的DNA分子，其多态性表现在该核苷酸序列的第776与777位之间是否存在15个碱基的插入。利用本申请提供的分子标记可在苗期或种子时期对苦瓜果皮颜色(浅绿或白色或深绿色)进行预测，可以鉴定出目标性状遗传位点的纯合或杂合状况，从而可对后代表型进行较准确的预测，使得其在苦瓜果皮颜色鉴定、育种以及种质资源改良中具有重要的应用前景。