本发明提供了一种晶圆正面光罩及背面掩膜板布局校验方法及系统，属于晶圆光刻制程领域；根据晶圆所需布设芯片区域绘制晶圆的正面光罩布局及背面掩膜板布局；基于正面光罩布局中的光刻图形采用步进曝光方式逐序针对晶圆正面进行重复光刻，以使晶圆被网格化划分为尺寸大小相同的若干子区域；基于背面掩膜板布局采用整面覆盖方式针对晶圆背面进行光刻；根据晶圆后续下线工序的制程设备在光刻后的晶圆背面定义对准区域；基于网格化的晶圆正面的光刻布局与背面掩膜板布局，背面曝光判断对准区域内是否晶圆正面存在至少两个PCM区；根据判断情况进行相应调整。通过本申请可针对晶圆正面光罩及背面掩膜板的设计布局一并校验。