本发明涉及一种从多个个体(402)的基因组数据预测基因组相关特征(458)的计算机实现的方法，所述方法包括：‑接收(102)每个个体的基因组标记数据(434，442)，所述基因组标记数据表明分配给所识别的标记变异(1140‑1142)的多个第一标记位点和多个第二标记位点(1144)有一个缺失或不确定的标记变异分配；‑计算(104)包含多个单倍型块(1126‑1136)的单倍型块文库(448)，包括起始和终止坐标的每个单倍型块以及位于所述起始和终止坐标中的一系列标记位点，称为“比较标记位点”；‑进行(106)单倍型块引导标记插补；‑用插补的标记变异补充(108)所述基因组标记数据；和‑使用所述补充的基因组标记数据(454)来计算预测个体的特征(458)。