本发明公开了一种适用于管道的非循环过氧化氢灭菌方法及装置，包括如下步骤：在待灭菌管道一端设置气源和过氧化氢发生器，在待灭菌管道另一端设置过氧化氢分解器；从待灭菌管道的一端通入气体进行吹扫后启动过氧化氢发生器产生过氧化氢蒸汽对管道进行灭菌，同时启动过氧化氢分解器，对尾部的过氧化氢蒸汽进行分解；当灭菌效率大于99％且过氧化氢分解效率达到100％时关闭过氧化氢发生器和过氧化氢分解器，继续通入气体进行吹扫后完成灭菌。本发明的灭菌方法及装置，能够解决不能封闭或者不能建立循环系统的体系的微生物灭菌的问题，具有良好的灭菌效果；残留的过氧化氢被完全分解成水，可以避免污染环境及危害人体健康。