本申请涉及一种储存物流箱的智能仓库及其控制方法，一种储存物流箱的智能仓库包括仓库本体，仓库本体包括若干底板、若干分隔板、竖板、面板、支撑架、若干存放室和控制器。底板水平设置在支撑架上，分隔板竖直设置在底板上，每层底板均设置若干分隔板，所述底板两侧设置竖板，底板后端与支撑架一一连接并设置面板封实连接面，底板、分隔板或竖板、面板共同构成存放室，控制器包括显示端和警报器。本申请的一种储存物流箱的智能仓库，通过分隔板和底板能够改变存放室的空间大小，使仓库本体空间利用率显著提高，通过在分隔板上设置光栅和扫描仪，能够帮助操作员快速找到存放室和物流箱，提高了物流箱存放效率。