本发明属于页岩油可动用性评价领域，涉及一种基于分子动力学模拟的页岩油可动用界限确定方法。该方法包括运用聚焦离子束扫描电镜对页岩岩心成像，得到一系列页岩岩心二维内部孔隙结构图片，然后进行滤波、降噪处理，组合生成页岩的三维数字岩心图像；应用分水岭方法，提取孔隙特征，分析半径、形状因子参数，得到岩心内不同孔隙形状及占比；分别建能反映不同孔隙结构的分子模型并在孔隙中填充页岩油分子并进行几何优化；基于模型进行分子动力学模拟，计算页岩油分子均以吸附态形式存在于孔隙内时的孔隙半径，并取加权平均计算出页岩油的可动用界限。采用本发明方法可以快速、高效的计算出页岩油的可动用界限。