本发明公开了一种自适应长度的矢量数据编码方法和系统，包括：获取待编码矢量数据，从中循环提取待编码分层数据，进行分层编码、遍历层内待编码数据；计算层内待编码数据面积最小值用于确定数据即将栅格化单元尺寸，统计层内待编码数据频数确定顺序码长度；将层内待编码数据栅格化，记录位置顺序，将栅格中心转化为点，进行缓冲区分析后获取其外切矩形，获得参考定位方格；将层内待编码数据与参考定位方格进行空间叠加获得空间连接关系表，保留各要素最小位置顺序后生成层内待编码数据顺序码；采用分层编码与顺序码组合编码方式生成矢量数据编码。根据上述技术方案可以实现点、线和面数据自动编码的管理和分析应用，提高编码技术标准化和灵活性。