本发明提供一种考虑河道防冲的航运枢纽排涝调度方法与系统，其中方法包括计算过闸流量和河道临界起动流量；判断过闸流量是否大于河道临界起动流量；如果否，则保持闸门开度，以过闸流量作为堰闸出流流量；如果是，则减小闸门开度，以河道临界起动流量作为堰闸出流流量；将调度前内河水位对应库容与出流体积的差值参照水位库容曲线，得到调度后内河水位；判断调度后内河水位是否小于等于内河控制常水位；如果是，则关闭闸门并停止运行闸门调度；如果否，则继续运行闸门调度。本发明通过判断过闸流量是否大于河道临界起动流量以调节闸门开度，将堰闸出流流量限制在河道临界起动流量以下，减少对河道冲刷的影响。