本发明公开了一种燃料电池的水管理系统的控制方法、装置、燃料电池和存储介质，该方法包括：在燃料电池的水管理系统进入运行状态之后，控制第一水箱处于满水状态，并根据第二水箱中的液位高度，控制引射器的吸引喷射水量；根据燃料电池的欧姆阻抗、燃料电池的阴极反应气体入口温度、燃料电池的阴极反应气体入口压力和燃料电池的阴极反应气体出口压力中的至少之一，控制阳极水管理子系统的运行状态，并控制阴极水管理子系统的运行状态。该方案，通过基于电堆的欧姆阻抗、阴极反应气体入口温度、阴极反应气体出入口压力，控制阳极水管理子系统和阴极水管理子系统的运行过程，避免燃料电池发生膜脱水和水淹。