一种与甜玉米的果糖量和产量紧密连锁的KASP分子标记及其应用，涉及基因工程技术领域；基因Zm00001d042066在甜玉米的果糖量和产量鉴定中的应用，位于甜玉米基因组3号染色体的149.5Mb位置处。该基因为甜玉米果糖调控的关键功能性基因，该基因的表达量与果糖含量和植株的侧根数量具有显著的相关关系，用于甜玉米果糖量和产量的鉴定，准确度高。KASP分子标记与甜玉米的果糖量和产量紧密连锁，可通过荧光定量PCR仪即可对甜玉米快速基因分型，可有效预测果糖量和产量的情况，可提高育种的选择精度，应用于甜玉米高产低果糖含量性状的遗传改良中具有重要应用价值，适于大规模推广应用。