本发明涉及生物材料领域，公开了结构色编码磁性微载体及其制备方法和检测赤霉素的方法。该结构色编码磁性微载体包括光子晶体微球以及接枝在光子晶体微球表面的赤霉素抗体，光子晶体微球由核壳结构纳米颗粒自组装形成，核壳结构纳米颗粒包括Fe3O4磁性纳米粒子形成的内核和包裹在内核外周的SiO2纳米层；其制备方法包括：将Fe3O4磁性纳米粒子的外周包裹SiO2纳米层得到核壳结构纳米颗粒，将核壳结构纳米颗粒经自组装形成光子晶体微球；将光子晶体微球活化后，与赤霉素抗体混合进行反应I，再与阻断剂混合进行反应II，使得光子晶体微球的表面接枝有赤霉素抗体。该微载体能够特异性识别赤霉素，可增强对赤霉素检测的灵敏度和准确性，且检测效率高。