本发明涉及光伏发电技术领域，公开了一种光伏发电系统输出功率灵活控制方法、系统及设备。本发明根据并网逆变器直流母线上的直流电压和直流母线电压参考值的偏差确定直流母线电压偏差标志位的值；采用改进的MPPT控制算法进行光伏发电系统输出功率的控制；其中改进的MPPT控制算法以修正后的步长来改变Boost电路的开关器件的占空比，所述修正后的步长通过将直流母线电压偏差标志位的值作为修正系数对MPPT控制算法中的固定步长进行修正得到。本发明可以自动根据功率平衡情况调节光伏发电系统出力，无需增加额外装置，仅需对现有的MPPT控制方法进行一些改动，实现难度较低。