本申请公开了一种检测血浆样本微卫星状态的方法和装置。本申请方法包括，获取待测对象血浆样本二代测序数据比对文件；统计待测样本的MSI位点的重复数；MSI位点为MSI特征位点集合中的位点；计算位点的观测特征值obv，将抽取total_template个模板时，抽取到大于或等于观测特征值obv的可能性，作为位点特征来自于MSS样本的可能性Pmss，将Pmss小于0.025的位点个数除以MSI特征位点总数，即MSI_score；若MSI_score大于阈值Tsample判定为MSI，否则为MSS。本申请方法，通过血浆检测MSI状态，只需对部分MSI位点进行检测即可，检测成本低、特异性强、敏感性高。