本发明公开了一种提高柱头亲和力培育晚花牡丹新品种的育种方法，充分利用肉质花盘亚组牡丹开花期较晚的特性，通过花粉冷冻保存解决花期不遇、花瓣摘除促进子房发育、激素处理柱头改变其对异源花粉的识别机制、提高柱头亲和力等技术进行人工杂交育种，克服亲本材料花期不遇、提高子房发育完全度、改善柱头亲和力，突破现有中原牡丹品种群的基因库，扩大基因范围获得晚花遗传物质，有效解决了现有栽培品种群遗传基因狭窄、品种间花期接近的问题，培育晚花牡丹新品种，创造性完成晚花牡丹种质创新，具有显著的社会和经济效益。