本发明提供一种基于植物成分的双频超声促渗系统，属于促渗领域，系统包括：数据获取模块，用于获取待促渗植物提取物的成分集合、分子量集合及作用靶点深度集合；数据处理模块，用于根据分子量集合确定第一超声频率及第二超声频率，根据作用靶点深度集合计算第一超声占空比及第二超声占空比；第一超声频率>第二超声频率；超声驱动模块，用于根据第一超声频率及第一超声占空比控制超声发射模块向目标皮肤发射第一超声信号，以使各成分穿透皮肤屏障，根据第二超声频率及第二超声占空比控制超声发射模块向目标皮肤发射第二超声信号，以使各成分抵达皮下靶点。本发明可使植物提取物中的有效成分均能穿透皮肤屏障，到达皮下作用靶点的所在深度。