本发明公开了一种混合储能系统的协同控制方法，包括：根据混合储能系统的非线性多系统特性，对所述混合储能系统进行数学建模，形成混合储能系统的数学模型；根据所述混合储能系统中的各个储能系统的邻接关系，构建所述数学模型的控制目标；为所述混合储能系统中的各个储能系统分别设置一个协同控制器；所述协同控制器通过获取当前时刻每个储能系统的状态量对所述储能系统进行协同控制，使每个储能系统的输出一致，同时使整个系统保持稳定；证明了当无向图连通时，不同储能系统的输出均可控，即实现混合储能系统的协同控制，本发明对未知的系统参数与死区特性都无需做预先了解，并且适用于不同种类的储能系统，具有很好的可拓展性。