本发明公开了一种具有疏水、固锈功能的含氟聚氨酯树脂合成方法及其应用。该树脂合成方法如下：将热引发剂、硅烷偶联剂单体、丙烯酸十三氟辛酯单体、硫代甘油以及有机溶剂混合后，进行双排管液氮冷冻除氧并循环3次，然后在60‑75℃惰性气氛中加热8‑24h充分反应，得到混合溶液A；使用石油醚或者正己烷对混合溶液A进行洗涤，然后进行旋蒸干燥得到预聚物树脂B；将预聚物树脂B、DBTDL催化剂、PPG混合加入到三口烧瓶中，缓慢滴加HMDI经有机溶剂稀释后的溶液，并持续反应8‑12h后得到NCO封端的聚氨酯预聚物C；向聚氨酯预聚物C中加入HEA进行封端反应，得到最终产品。该树脂的含氟基团能够疏水防锈，含硅基团能够包覆固定铁锈，具有很好的带锈施工能力和防腐蚀效果。