本发明公开了一种生物反应器搅拌轴密封装置，包括搅拌轴，搅拌轴的外周套接有第一安装座，第一安装座的内部底端嵌装有密封圈，第一安装座的内部套接有第二安装座，第二安装座的内部底端嵌装有轴承组件，第二安装座的底端连接有第三安装座，第三安装座的底端安装有散热组件，搅拌轴从上至下依次穿过第一安装座、第二安装座和第三安装座。本发明通过密封圈上下两侧的密封唇以及中间处的间隔环起到密封效果，可有效避免反应釜内部液体泄漏；同时密封圈在长时间使用过后会通过搅拌轴挤压凹槽内的油环，从而使油环内的润滑油挤出，通过输油孔排出对密封唇以及间隔环处进行润滑。