本发明提供一种海底数据中心双CPU冗余系统、控制方法及控制器，涉及数据监控领域，该系统包括控制器、第一CPU、第二CPU以及若干监控站，其中，第一CPU和各监控站安装于水下，第二CPU安装于岸上；第一CPU通过控制各监控站获取海底监测数据；控制器用于获取第一CPU的心跳信号，判断第一CPU是否发生故障，在第一CPU发生故障时切换第二CPU控制各监控站获取海底监测数据。通过本发明提供的海底数据中心双CPU冗余系统，保障了物理上的安全隔离，控制器在第一CPU发生故障时切换第二CPU，实现第一CPU和第二CPU切换，避免单个CPU损坏维修CPU过程中导致的数据丢失。