本发明公开了一种源头治理酸性矿山废水的方法，属于矿山环境治理领域。所述方法包括对含黄铁矿的废石或者浮选尾矿进行生物淋洗。生物淋洗后废石或尾矿中超过60％的铁和硫可以被去除，同时功能微生物会诱导生成黄钾铁矾，钝化废石或尾矿中残留黄铁矿，从而抑制残留黄铁矿的二次溶解，极大减少后续堆存产生酸性矿山废水的风险。生物淋洗操作简单，成本低廉，环境友好。本发明方法能够从源头治理含黄铁矿废石或尾矿产生的酸性矿山废水污染问题，对于含黄铁矿废石或者浮选尾矿的无害化处置和矿山环境治理具有重要意义。