本发明提出了固定水稻杂种优势的方法，所述方法包括将PAR基因和用于靶向敲除REC8基因、OSD1基因及PAIR1基因的核酸片段导入杂交水稻种子中，筛选得到REC8、OSD1和PAIR1三个基因都为双等位突变的三突变体以及PAR基因成功异位表达的转基因杂交水稻套袋自交，收获自交结实种子。本发明的方法可以使杂交水稻自交，形成能够固定水稻杂种优势的种子，解决之前在利用杂种优势中由于花期不一致等原因导致的亲本间杂交困难、制种产量低、杂交种成本高等问题，极大地提高杂交水稻配组效率，结实率和二倍体诱导率高，消除杂交水稻制种风险，应用价值高。