本发明公开了水稻矮杆基因位点的开发及应用，属于基因组序列及植物生物技术领域。它包括检测待测水稻的基因型，根据待测水稻基因位点的基因型鉴定或辅助鉴定矮杆；OsPH9_M13位点是水稻基因组中的一个InDel位点，其核苷酸种类为GC或缺失（‑），为序列表中SEQ ID No.1的第101‑102位核苷酸。本发明利用水稻矮杆差异材料制备定位群体，挖掘与矮杆相关的基因位点，该位点可用于商业化水稻矮杆分子育种。分子标记辅助选择效率较高，可在育种早期进行分子标记辅助选择，降低育种成本，加快水稻矮杆育种进程。