本发明提供了一种控制地层变形的竖井注浆止水施工方法，属于富水地层止水加固技术领域，包括以下步骤：在地下水位线以上0.5‑1.0m的竖井底面位置喷射封底混凝土进行待开挖地层封底作业；在竖井四侧边墙位置进行斜孔注浆止水施工；竖井底面位置直孔注浆止水施工；在四侧边墙采用袖阀管补充止水的形式加固注浆施工，竖井底面注浆补充止水加固施工。本发明提供的一种控制地层变形的竖井注浆止水施工方法，通过以控制注浆压力为主、控制注浆量为辅的方法，分段分次在富水地层中注入浆液，避免引起周边地层产生较大变形。通过将注浆施工按作用分为止水及止水加固并重两方面，实现富水地层的快速止水，且保证开挖作业时地层的整体稳定性。