本发明公开了一种超声经颅多普勒血流分析系统、方法及存储介质，涉及计量检测技术领域，包括超声探头，用于采集早产儿颅内血流信号、血液流动图象和血管内径；预处理模块对早产儿颅内血流信号进行降噪处理；处理模块构建早产儿颅内血流的特征模型得到早产儿颅内血流速度标准区间并输出早产儿颅内血流速度实际值；对比模块中将早产儿颅内血流速度实际值与早产儿颅内血流速度标准区间进行对比，得到早产儿颅内血流实际情况及身体健康状况，并从输出模块输出早产儿颅内血流实际情况及身体健康状况。本发明能提供早产儿精准的颅内血流信息为医护人员针对早产儿身体情况进行判断和分析并做出准备和预防。