本发明公开了一种简便快速浓缩产脲酶菌的方法及其应用，以解决生物矿化技术在实际工程应用中巨量体积菌液存储和运输的局限性问题。所述方法包括：1）向菌液中加入含钙离子的溶液，通过絮凝沉积方法浓缩菌液；2）将浓缩菌液运至施工现场后，用自来水将其稀释至原浓度，将其pH调至弱酸性后与胶结液混合配制成生物矿化处理液用于对地基加固。本发明通过向产脲酶菌菌液中加入钙离子使菌液浓缩，该方法无需使用离心机等任何专业设备，同时可一次性浓缩巨量体积的菌液，操作简单、成本低、效率高，具有广阔的应用前景。