本发明公开了一种包装饮用水生产中未知微生物安全风险高通量测序分析及应用。在采样点采集水样，富集水样微生物，提取微生物总DNA；以DNA为模板，PCR扩增，扩增后产物进行测序；优化测序数据，获得ASV代表序列和丰度信息，注释每个ASV对应的物种分类信息；根据物种分类和丰度信息对包装饮用水生产中未知微生物安全风险分析。本发明能够全面准确地分析包装饮用水生产中的未知微生物安全风险，克服了传统技术周期长、工作量大、准确度低和只能分析部分微生物等缺陷。可以通过分析后的结果判断包装饮用水厂实际存在的未知微生物安全风险。本发明对于包装饮用水微生物安全风险识别以及后续主要微生物污染防控具有重要的实用价值。