本发明提供一种基于多核处理器芯片的继电保护方法及系统，其中，所述方法包括：多核处理器芯片的N个保护核读取各自存储单元的存储数据；N个所述保护核两两之间按照确定的数据校验方法对其存储数据进行实时同步校验，并根据校验结果确定N个所述保护核的存储单元状态；当N个所述保护核的存储单元状态均为正常时，N个所述保护核根据各自的存储数据进行继电保护运算，并生成N个运算结果；根据设置的继电保护动作判据和继电保护动作策略，以及N个所述运算结果输出继电保护动作执行指令。所述方法及系统充分发挥了多核芯片的计算能力，大大提高了存储单元抗单粒子效应和异常纠错的能力，并且提升了保护装置动作出口的准确性以及可靠性。