本发明涉及傅里叶红外光谱仪的信号处理方法、系统及可读存储介质，光谱仪的处理器包括FPGA，FPGA基于红外检测信号和经过高通滤波的激光检测信号得到的平均值为零附近的正弦波信号进行采样点的采集，FPGA具有七个寄存器，分别用于存储标志位、红外信号波峰值、红外信号波谷值、激光信号波峰值、激光信号波谷值、红外信号半周期值、红外信号全周期值；信号处理方法包括：采集正弦波信号的波峰、波谷、周期终点和半周期点同步对应的红外检测信号的信号点作为采样点。本发明在一个激光周期内采集四个等间距的采样点，实现0.1582μm采集一个采样点，最大检测波数达到31605.56cm‑1，使光谱检测范围覆盖可见光波段。