本发明公开了一种基于微生物矿化原理的海上风机桶形基础防冲刷试验系统与方法，包括注浆装置、波流冲刷装置、监测系统以及吸力桶基础，通过注浆装置在桶周注入菌液、胶结液加固冲刷区域土体，前置推板式造波机产生波浪荷载，造流泵产生流荷载，在吸力桶主导管上部安装激振器模拟风荷载。实时监测波浪、流状态及参数，记录桶周冲刷区域形态变化，监测微生物矿化加固效果、吸力桶基础变形、土体孔压变化，分析桶周渗流场变化。本发明能探究海上风机吸力桶基础在长期风、浪、流荷载下的基础变形、冲刷效应及土体渗流监测；通过同时开启注浆装置、波流冲刷装置、监测系统，可在一定环境荷载下实时监测微生物加固海床效果，分析微生物的时空运移特征。