本发明提供了一种基于区域综合能源系统的碳流追踪方法，所述碳流追踪方法具体为：基于区域综合能源系统的网络结构构建碳流模型，并基于碳流模型进行碳排放流计算；根据碳排放流计算结果确定区域综合能源系统的碳排放流动情况，并根据碳排放流动情况确定区域综合能源系统的所有碳流节点；根据碳排放流动情况确定碳流节点间的能源传输状态，并根据碳流节间的能源传输状态确定每个碳流节点对应的能源网络，结合碳排放流计算结果获取区域综合能源系统内每个能源网络对应的碳排放。本发明实现了对于区域综合能源系统内每个能源网络的碳排放情况区分，能够适应区域综合能源系统的碳排放监测场景，提高碳排放监测分析的精确性。