本发明公开了水开菲尔在制备预防或治疗炎症性肠病的药物中的应用。本发明研究显示水开菲尔能够有效地预防和治疗炎症性肠病，通过构建DSS诱导的炎症性肠病模型，证实了水开菲尔能有效地缓解了DSS引起的体重减轻、结肠病理损伤和结肠缩短等症状，降低了DAI指数和脾脏指数，能够显著减少炎症因子的产生、改善肠道屏障功能、调节肠道菌群结构与组成，具有防治炎症性肠病的功效；同时，将水开菲尔制备成冻干菌剂能够更好地保存与应用，并且还具有较高的安全性，为IBD的防治提供新的策略。