本申请公开一种微镜控制系统及控制方法。该微镜控制系统包括：驱动模块、传感模块、处理模块和补偿模块。控制方法包括：驱动模块发出驱动模拟信号；所述微镜响应于所述驱动模拟信号进行动作；基于传感模块，检测所述慢轴的实时位置数据；处理模块预测所述慢轴的理论位置数据，并结合所述实时位置数据进行拟合处理，生成拟合位置数据；所述补偿模块基于所述拟合位置数据与目标位置数据的计算结果生成补偿指令；所述驱动模块根据补偿指令控制所述微镜进行下一次动作。通过上述方式，本申请能够实时对慢轴驱动信号进行修正，以减少慢轴扫描运动的偏差，提高扫描显示图像的质量。