本发明公开了一种继电保护装置的软错误实时阻断与系统恢复方法，所述方法包括：将继电保护装置故障处理程序进行分解重构；重新分配继电保护装置的存储和内存；设置入口确认变量以及异常判断逻辑；将存储区的保护程序和参数文件分别读取到内存区相应的运行程序和运行参数，对入口确认变量赋值，两个运行程序同步执行并分别输出出口正码与出口反码；对出口正码与出口反码进行异常判断，若异常，则实时阻断出口执行，进行程序和参数一致校验与恢复处理，否则对入口确认变量进行异常判断，若入口确认变量正常，则执行出口操作，否则重启系统。本发明能够实现继电保护装置在发生软错误时，实时阻断错误并恢复系统，保障电力生产的可靠性。