本发明公开了一种终末期肾病疗效评估与并发症风险预测系统，包括：数据输入准备模块，用于获取并预处理血液透析和腹部透析患者的眼部检查数据和元数据；模型训练评估模块，用于使用机器学习算法及经典统计回归来训练模型，使用交叉验证方法并结合模型的准确率来选择模型；预测结果输出模块，用于分别通过所述疗效评估模型、所述并发症及预后风险预测模型输出相应分类结果与预测概率。采用本发明提供的实施例，在治疗前、治疗过程以及长期随访中，对终末期患者治疗情况及长期预后做出全面评估。